Les feuilles d'estragon sont utilisées, fraîches ou séchées ou en poudre pour aromatiser des plats (lasagne, crudités, sauces, poissons…) ainsi que les conserves au vinaigre (cornichons, variantes). L'estragon fait partie des fines herbes. Il donne la saveur principale de la sauce béarnaise. Les jeunes tiges au début du printemps peuvent également être cuites comme une asperge de substitution.